Rok szkolny 1939/40 nie rozpoczął się jak zwykle we wrześniu. Wybuch II wojny światowej miał na kilka lat zmienić oblicze edukacji polskiej. Szkoła w Wisznicach jako jedna z wielu została dotknięta bezpośrednio działaniami okupantów.
Po utworzeniu Generalnego Gubernatorstwa, teren powiatu bialskiego został włączony do dystryktu lubelskiego. Przyłączono do niego powiaty przedwojenne m.in. włodawski i chełmski, tym samym i Wisznice.
Budynek szkolny był zajmowany przez wojska niemieckie, potem radzieckie, a ostatecznie żandarmerię niemiecką. Żołnierze hitlerowscy dokonali zbrodniczej działalności. Pierwszym zabitym był Józef Babicz (31 października 1939r.). 2 marca 1944r. masowo rozstrzelano 30 osób pod domem Józefa Czyża w Rynku, w celu zastraszenia miejscowej ludności. Akty brutalności dotknęły również okolice szkoły, ponieważ wiele osób rozstrzelano za „drwalką” szkolną i na placu szkolnym. Zachowały się niektóre dane i nazwiska: Leon Makarewicz (zm. 1942), Franciszek Osiejuk (zm. 1943), Józef Marczuk (zm. 1943), Franciszek Leoniuk (zm. 1943), Osipacz, Ostrowski, Rejnowski.
Rok szkolny rozpoczął się z opóźnieniem w styczniu 1940r.. Lekcje prowadzili jedynie Matylda i Władysław Chmielowscy, a od 1 maja – sam W. Chmielowski. Niemcy wprowadzali różnego typu zakazy utrudniające życie mieszkańcom Wisznic m.in. zakaz nauczania dzieci narodowości żydowskiej oraz prowadzenia lekcji przez mężatki. Wiek szkolny osiągnęły w tym okresie 348 dzieci (bez Żydów), z czego realizowało obowiązek tylko 38 (kl. II - V).
Nauka odbywała się na parterze budynku szkolnego, ponieważ resztę zajmowała żandarmeria niemiecka. Ostatecznie na wiosnę 1941r. szkołę zupełnie usunięto z budynku szkolnego, który zajęło wojsko niemieckie. Lekcje odbywały się w wynajętym domu Antoniego Lesiuka na Zakaplicy oraz w stodołach u Jana Górskiego, Franciszka Brodzkiego i Stefana Grabowskiego przy ul. Rowińskiej.
Następnym aktem wynaradawiającym ludność był zakaz nauki historii, geografii, j. polskiego, czyli przedmiotów kształtujących patriotyzm. Niszczono biblioteki usuwając z nich polskie książki, likwidowano mapy. Szkoła miała przekazywać minimum wiedzy. Niemcom chodziło o przygotowanie młodzieży do pracy produkcyjnej.
W roku szkolnym 1940/41 kierownikiem szkoły został Jan Bochen, wcześniejszy pracownik kuratorium w Brześciu do spraw oświaty dorosłych. Przysłał go Inspektorat Szkolny w Białej Podlaskiej. Pracują również Władysław Chmielowski, Janina Zalewska, Stanisław Król. Zwiększyła się liczba uczniów, z 382 zapisanych nieregularnie przychodziło na zajęcia 241.
Następny rok 1941/42 przynosi ze sobą coraz trudniejsze warunki nauki. Od 3 XII 1941r. do 17 V 1942r. nie odbywają się zajęcia edukacyjne z powodu epidemii tyfusu plamistego, który przyniósł wiele ofiar w ludziach. Dlatego też z 392 uczniów w wieku szkolnym 108 nie uzyskało promocji do wyższej klasy. W składzie grona nauczycielskiego znalazł się oprócz Jana Bochena, Władysław Chmielowski, Janina Zalewska, Henryk Wolfart, Zofia Król. Stanisława Króla oddelegowano do Dubicy.
Kolejne lata nauki nie są prowadzone regularnie. W 1942/43 szkoła mieści się w trzech pokojach domu Petera Herszka w Rynku Wisznic [zdjęcie poniżej, po lewej wspomniane zabudowania - wkrótce].
Prowadzony jest system zmianowy, co drugi dzień. Jednakże to nie koniec utrudnień. Władze niemieckie wydawały zarządzenia odnośnie prac społecznych np. kopania ziemniaków u Tadeusza Rucińskiego z Wygody (28 IX – 3 X 1942r.) oraz obowiązkowych przerw w nauce np. 20 I – 15 II 1942r.
Ze złych warunków prowadzenia lekcji, absencji uczniów, nakazów okupanta wynikała też liczba osób niepromowanych (114 na 406 uczniów). Kadra nauczycielska przedstawiała się następująco: Jan Bochen, Władysław Chmielowski, Zofia Król (od 1 X 1942 na jej miejsce z Dubicy wraca Stanisław Król), Maria Stachowska, Władysław Furmanik.
Warunki te poprawiły się w następnym roku szkolnym. Wyremontowano i przystosowano do użytkowania dwa domy pożydowskie. Liczba sal wzrosła do pięciu. Wpłynęło to na promocję. Liczba dzieci zapisanych wynosiła 420, z czego 72 pozostało w tej samej klasie.
W tym samym czasie murowaną szkołą zniszczyli Niemcy. Okna zamurowywali lub zakładali workami piasku, murami zabezpieczali wejście do budynku. Na zewnątrz okien pozakładali siatki ochronne.
